Biologische grondontsmetting is een verzamelterm voor methoden die niet-chemisch zijn en toegepast worden voor de bestrijding van aaltjes en bodemschimmels. De principes kunnen zuurstofloosheid zijn, bijvoorbeeld bij anaerobie door inundatie of inwerken van organisch materiaal en dan afdekken van grond met plastic folie. Een ander principe is de vorming van giftige stoffen die vrijkomen bij het verhakselen van bepaalde gewassen zoals bij biofumigatie.